Recomendo a instalação através do MDM (Multiseat Display Manager) por ser "automatizada" em boa parte da configuração:
http://wiki.c3sl.ufpr.br/multiseat/index.php/Installing_mdm/pt-br
Instalação manual:
* Instruções para o Ubuntu 7.04
* Instruções para o Ubuntu 8.04
* Instruções para o Ubuntu 9.04
* xephyr-precompiled.tar.bz2